1966年5月16日中共中央发布了“五·一六通知”，揭开文化大革命的序幕。紧接着“红卫兵”运动，批判“资产阶级反动路线”，“大鸣、大放、大字报、大辩论、大串联”，在全国风起云涌。无政府主义思潮泛滥，“火烧”“横扫”“罢官”“夺权”之风刮遍全国。设计院当时所在地王府井也被红卫兵破四旧改名为“人民路”。这样一场声势浩大的运动及错误思潮必然会影响 到当时设计院政治生活、勘测设计等方方面面。当时, 地铁设计处也成立以“红旗”“东方红”为代表的两派群众组织，1966年8月成立“文革筹委会”，张志祥为主任，秦洪海为副主任。

      1967年2月受当时上海“一月风暴”的影响，地铁设计处被群众组织夺权，成立“临时委员会”。同年二月,铁道兵第十二师宣布介入地铁局文化大革命, 原局党委委员. 师长张鸿智及政委陈辛火表态站在“革命造反派”一边。4月，地铁局实行军管，成立军管会，设计处也派军代表易凤祥。

      1968年初, 设计处成立革命委员会，革委会主任安谦，副主任徐树森等。1968年8月，为稳定局势，毛泽东主席提出“工人阶级领导一切”的号召，以地铁局一处工人为主体的工人宣传队进驻设计处。主要任务是带领设计处职工开展学习及大批判，同时参与领导工作。与此同时, 勘测队也派出以董德为首的工宣队进驻北京市第二外国语学院, 董德曾任该院革委会副主任，并受到毛泽东主席的邀请，入住过中南海。1968年冬，为响应毛泽东主席“知识分子必须接受工农兵的再教育”及“干部下放劳动”的号召，设计处的技术人员除留少数配合施工以外，都下放到地铁局一处六队参加劳动。吃住在工地，白天参加地铁施工，晚上集中学习和开展大批判。

      1969年初，为确保北京地下铁道一号线在建国二十周年建成通车，下放劳动的全部同志撤回机关，以尹鹏海为队长的军宣队进驻设计处，抓革命，促生产。

    文革期间，由于“左”的思想影响，使勘测设计工作受到不小的干扰和冲击。但是，由于北京地下铁道工程是毛泽东主席亲自批示, 是保卫党中央. 保卫毛泽东的伟大工程，设计处的广大职工始终坚守岗位，没有一人外出串联，没有一天停工停产，没有因为设计进度耽误一天工期。